“十三五”以来，各级渔业行政主管部门贯彻新发展理念和中央“三农”决策部署，积极实行渔业供给侧结构性改革，推进转方式、调结构，推动水产养殖从量的增长到质的提升，努力解决发展不平衡和不充分问题，促进水产养殖业绿色高质量发展，取得显著成效。
一、加强顶层设计，水产养殖业绿色发展文件经国务院同意正式出台
实现水产养殖业绿色发展是落实新发展理念、实施乡村振兴战略、推进生态文明建设的重要举措。2019年1月11日，经国务院同意、农业农村部会同生态环境部、自然资源部等十部门联合印发了《关于加快推进水产养殖业绿色发展的若干意见》，明确了水产养殖业绿色发展指导思想、基本原则、主要目标，并围绕加强科学布局、转变养殖方式、改善养殖环境、强化生产监管、拓宽发展空间、加强政策支持及落实保障措施等方面作出全面部署。这是新中国成立以来第一个经国务院同意、专门针对水产养殖业的指导意见，是当前和今后一个时期指导我国水产养殖业绿色发展的纲领性文件。当年2月15日，国务院新闻办公室召开《意见》专题发布会。按照国务院要求，出台了部委分工方案，压实属地责任，各省级人民政府纷纷研究出台落实方案，形成了地方政府、各部门分工合作，齐抓共管的工作格局，全面深入推进水产养殖业绿色发展。
二、稳定和严格落实养殖水域滩涂规划制度和养殖证制度，全面调优养殖生产布局、保障养殖渔民权益
养殖水域滩涂规划制度和养殖证制度是水产养殖业发展的基本制度，对于促进产业规范有序发展、保障养殖生产空间、保护养殖生产者合法权益至关重要。“十三五”期间，农业农村部指导各地启动新一轮养殖水域滩涂规划编制发布工作，依法划定禁止养殖区、限制养殖区和养殖区，合理安排产业发展空间，指导各地加快推进水域滩涂养殖发证登记工作，定期通报各地工作进展。“十三五”以来，各地养殖水域滩涂规划编制发布和养殖证核发工作步伐明显加快，目前，全国已有6个省级、257个地市级和1544个县级人民政府颁布实施本级养殖水域滩涂规划，核发《水域滩涂养殖证》达12.2万本，确权登记水域、滩涂面积约422.4万公顷，为稳定渔业基本养殖水域发展空间、保障养殖渔民合法权益、促进水产养殖业绿色发展奠定了坚实基础。
三、生态健康养殖全面推进，水产养殖业加速转型升级
“十三五”期间农业农村部通过创新驱动绿色发展，革新养殖生产模式，大力推广工厂化和池塘循环水养殖、海水立体养殖、大水面生态增养殖等健康养殖技术。特别是积极拓展养殖生产空间，支持发展深远海养殖，推动“深蓝1号”“德海1号”等深远海大型智能化养殖渔场建设取得实质性进展；大力发展稻渔综合种养，全国稻渔综合种养面积达到3800多万亩；因地制宜开展盐碱水生态养殖，养殖面积超过100万亩，成为新的养殖增长点和经济欠发达地区人民群众脱贫致富的新路子。持续组织开展全国水产健康养殖示范创建活动，共创建国家级健康养殖示范场5468家、健康养殖示范县49个。启动实施水产绿色养殖“五大行动”，推广生态健康养殖模式，提升水产养殖绿色发展水平。深入贯彻“绿水青山就是金山银山”重要思想，突出渔业生态修复作用，大力推广“以渔净水、贝藻固碳”，水产养殖业碳汇功能日益突出。
四、加强种业建设，夯实产业发展基础
“十三五”以来，不断完善以国家遗传育种中心、国家级水产原良种场、各级地方良种场及良种繁育基地组成的水产原良种生产体系，现代渔业种业体系基本形成。发布新中国成立以来首个《中国水产种业发展报告（1949－2019）》，从管理体制机制、制度建设、科研学术、推广应用、产业发展等方面全景式展示七十年来水产种业发展成效。壮大水产种业体系，培育了一批育繁推一体化种业龙头企业，创建国家级水产原良种场86家。推动新品种选育，严格新品种审定，依法审定新品种达229个。组织相关水产科研院校和育种企业开展南美白对虾联合育种，促进政产学研用一体发展。
五、强化防疫检疫，增强水生动物疫病防控能力
“十三五”期间，加强水生动物防疫体系建设，开展重大水生动物疫病专项监测，累计监测重大水生动物疫病样品2.4万余个，未发生区域性重大水生动物疫情。连续发布年度《中国水生动物卫生状况报告》和《水产养殖动植物病情月报》，组织开展鲑鳟鱼等寄生虫监测和重大疫病风险评估，不断提升重大水生动物疫病防控和应急处置能力。水产苗种产地检疫制度自2017年在江苏启动试点后逐步推进，2020年已在全国全面实施，各地已确认渔业官方兽医3700余名，完善检疫电子出证系统，加强水产苗种检疫培训和执法监督。有效运用并完善“全国水生动物疾病远程辅助诊断服务网”，不断提升水产养殖病害防治服务水平。
六、严格用药监管，提升水产品质量安全水平
坚持产管并重、严字当头，“十三五”期间不断完善国家产地水产品兽药残留监控计划，监测范围扩展到全国34个省（区、市），监测指标增加到10项，监测品种扩大到28种。组织开展产地水产品兽药残留专项整治行动，对违法用药涉案企业和养殖户坚决依法查处，五年共抽检样品2.5万余个，总体合格率99.5%，已连续八年保持在99%以上，水产品质量安全水平持续向好。开展水产养殖用兽药及其他投入品安全隐患排查，抽检样品2328个，风险物质检出率为18%，初步掌握了投入品质量安全现状和安全隐患。持续强化舆情监测与应急处置，建立水产品质量安全舆情监测系统，做到早发现、早核实、早应对，有效应对了“即墨海参养殖添加敌敌畏”“水产品是新冠肺炎病毒中间宿主”等重大舆情事件，营造良好的社会舆论氛围。
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