为贯彻落实《若干意见》文件精神，中国农科院充分考虑农业科研工作的特点，坚持“放管服”相结合，加强顶层设计，搭建制度桥梁，谋划制度体系。研究并确定了包括差旅费、会议费、横向经费等管理办法在内的22项制度建设清单，按时间节点要求出台了13项内部管理制度。
对于一直困扰科研单位的院士、教授等正高级职称人员和相应管理人员乘坐交通工具等级和住宿费标准问题，以及到科研基地进行科研活动的报销等事项，中国农业科学院在参照《中央和国家机关差旅费管理办法》的基础上，制订了该院差旅费管理办法。
1.解决了各类科研人员差旅费报销执行标准的问题
制度明确：院士按照部级人员标准乘坐交通工具和报销住宿费；研究员等正高级专业技术人员、三级四级管理人员和副所局级人员按照司局级人员标准乘坐交通工具和报销住宿费；博士后研究人员、邀请国内外专家、外聘及返聘人员，按照其专业技术职务情况参照执行；研究生因公出差所发生的城市间交通费、住宿费、伙食补助费和市内交通费，按其余人员级别报销。
2.明确了自驾车或者租车报销的规定
制度规定：对于在偏远、边境地区开展考察、调研、试验和检测监测等工作，受地理环境和当地条件限制，必须自驾或者租车前往的，经单位领导和财务主管批准，租车费可以据实报销，发生的汽油费和过桥费凭据报销，并且报销金额原则上控制在城市间交通费最低标准内。
3.重申了难以取得住宿费发票的差旅费报销问题
制度明确要在确保真实性的前提下，据实报销城市间交通费，并按规定标准发放伙食补助和市内交通费。
为了有效地解决科研业务会议行政化管理带来的诸多问题。该院结合科研单位的特点，按照会议内容将会议分为行政会议和业务会议。规定院常务会议仅审批以中国农业科学院名义召开的会议；其他会议审批权限授权给各研究所所务会以及机关各部门局务会。
同时，为了与差旅费管理办法进行有效衔接，制度对参加会议的院士及国内外知名专家（二级或相当二级以上研究员技术职务专家）达到参会人数三分之一及以上的业务会议，本着实事求是的原则，规定了其综合定额标准可提高20%。对邀请国内外专家、学者和有关人员参加会议所发生的城市间交通费、国际旅费、咨询费、讲课费、评审费，明确规定可由主办单位在会议费等费用中报销。
为加强财务与科研工作的有效衔接，保障资金使用安全和科研工作有序开展，让科研人员潜心从事科学研究，促进该院科研项目顺利实施，该办法要求院属研究所坚持遵循规律、灵活多样和协调建设的原则，建立健全科研财务助理管理制度。在岗位职责方面，要求科研财务助理在科研团队中兼具科研管理与财务管理双重职能，既要协助团队负责人加强团队预算管理（包括预算编制、执行、决算审计和项目验收等），又要做好科研服务（即协助撰写科研项目申请书或结题报告等材料，负责团队档案管理及相关信息收集、传播等）工作，充分发挥在科技创新工作中的桥梁纽带作用；在人员配备方面，要求规模大、任务多的团队，可以项目组为单元设置科研财务助理，规模小的团队也可以采取联合的方式设置科研财务助理；在薪酬管理方面，要求院属单位对在编兼职履行科研财务助理职责的人员进行绩效考核时，充分体现其承担的兼职工作，对编制外聘用人员充分考虑其岗位的特殊性，合理确定其薪资标准；在资金解决渠道方面，明确科研财务助理所需费用可根据情况通过科研项目资金等渠道解决。（转载于锐动源）
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