本发明涉及一种呼吸式养殖池塘系统及运行方法,设置一对相邻的养殖池,池底建设波浪式或斜坡式结构,共用池埂的一端设置太阳能动力往复提水装置,另一端设置自控回水装置;根据天气变化感光装置控制往复提水装置自动将A池的部分水体提升到B池,使A池的部分底面暴露在空气中,自然氧化分解池底的沉积有机物;自控回水装置分别连通A、B池,并设有水位感应装置与电控阀门装置;当B的池达到设定水位和预订的暴露时间后,电控阀门接收水位感应装置的水位信号并打开,通过自控回水装置自然流水回到A池中;在A池达到水位平衡后,往复提水装置再将B池的部分水体输入到A池中,自控回水装置反向控制水流;如此往复,循环流水。