日本科学家正在探索防止太平洋蓝鳍金枪鱼灭绝的方法，蓝旗金枪鱼是世界上最为过度捕捞的鱼种之一。国际自然保护联盟（IUCN）指出，在过去的22年内，蓝旗金枪鱼资源量已下降了三分之一，使该鱼类处于灭绝的危险中。金枪鱼产卵增殖率低的自然属性也是其种群数量下降的原因之一，尤其是采用大型网具捕捞金枪鱼的围网渔业捕捞量的不断增加，使其种群数量的下降雪上加霜。东京大学全球渔业实验室的副教授还指出，墨西哥增加蓝旗金枪鱼的捕捞量是导致其资源量下降的另一个原因，因为蓝鳍金枪鱼在日本沿海到墨西哥沿海之间洄游。
东京海洋大学的一位研究人员指出，人工养殖金枪鱼还不足以可以保护蓝旗金枪鱼。他在过去的10年里一直在研究通过将干细胞注射进鲭鱼，让鲭鱼进行金枪鱼代孕。他介绍到，金枪鱼是一种大型鱼类，它们成熟时的体重可达到100千克，需要五年时间才能长成熟，但如果能让鲭鱼代为产出金枪鱼卵和精子，我们就能在小型设施中生产出金枪鱼鱼苗，并且能缩短获得金枪鱼鱼卵和精子的时间。他的研究需要再花数年时间才能完成，如果成功，那么鲭鱼有能力在一天内产出6万颗蓝旗金枪鱼鱼卵。
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